蕪湖市住房公積金管理中心內設綜合科、公積金歸集科、公積金信貸科、公積金核算科四個正科級職能科室，在下屬三個縣各設一個為副科級建制的公積金業務經辦網點，即蕪湖縣管理部、繁昌縣管理部、南陵縣管理部。它的前身是于1994年元月18日經市編委批準設立的蕪湖市住房資金管理中心，與蕪湖市房改辦合署辦公。2002年10月，國務院對住房公積金管理機構進行調整后，與蕪湖市房改辦分離。
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